과면세사업자의 매입세액안분계산 및 재계산에 유의하여야 한다.
1. 일반매입
면세관련매입세액은 매입세액불공제되므로 신고시 구분하여야 한다.
2. 시설투자 관련 매입세액
시설투자후 매입세액공제를 받은 사업자는 신고후 매 과세기간에 이미 환급받은세액에 대하여 전체수입금액중 면세수입금액의 증감비율에 따라 환급 또는 납부하여야 할 세액이 발생되므로 유의하여야 한다.

예) 1. 을 영위하는 사업자가 건물을 구입하여 일부는 직영 나머지는 임대할 경우
의료업에 사용하는 면적이 증가될 경우 납부할 세액이 발생하고 임대면적이 증가할 경우 환급세액이 발생한다.
2. 대형 슈퍼를 경영하는 사업자가 차량을 구입한 경우
면세수입금액(식육점, 야채판매. 곡물판매)이 증가할 경우 납부할 세액이 발생한다.